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农业综合开发土地治理项目的主要任务是加强农业基础设施和生态建设，提高农业综合生产能力，保证国家粮食安全。土地治理项目建设以中低产田改造为重点，建设旱涝保收、稳产高产、节水高效的高标准农田。项目的扶持对象主要是农民。其主要特点是，按区域统一规划，按项目进行管理，实行山水田林路综合治理，水利、农业、林业、科技等措施综合配套，实现经济、社会、生态效益的统一。

土地治理项目具体可以分为三类：

1.中低产田改造项目以提高农业特别是粮食综合生产能力为目标，着重建设稳产高产基本农田和粮棉油等大宗优势农产品基地等；

2.生态综合治理项目以保护项目区生态环境为目标，着重改良草场、开展小流域治理和土地沙化治理等；

3.中型灌区节水配套改造项目着重结合中低产田改造，为不低于5万亩、不超过30万亩的灌溉面积提供水利灌排保障，直接改善项目区的水利灌溉条件。

土地治理项目资金来源：

土地治理项目资金来源为中央财政资金、地方财政配套、农村集体和农民筹资（含以物折资）投劳。用于土地治理项目的中央财政资金全部无偿投入。财政部依据各地财力状况分别确定各省地方财政资金与中央财政资金的配套比例。农村集体和农民筹资（含以物折资）投劳，严格按照“农民自愿，量力而行，民主决策，数量控制”和“谁受益、谁负担”的原则进行筹集，并纳入村内“一事一议”范畴，实行专项管理。

土地治理项目管理分为四个阶段：

1、前期工作阶段。主要是按照农业综合开发有关政策规定编制开发区的总体规划，进行项目前期准备，编制项目前期建议书，建立项目库，按照规定编报规划设计与实施方案，由相关机构组织进行评估审定。

2、申报批复阶段。主要包括下达投资指标、编报年度项目实施计划、审批年度项目实施计划三个步骤。国家农业综合开发办公室（以下简称“国家农发办”）下达中央财政投资指标和土地治理项目计划编报通知，省级农发机构据以编制年度项目实施计划。国家农发办主要批复土地治理项目年度实施计划的开发范围、任务及投资额等。省级农发机构根据国家农发办的批复向下批复项目年度实施计划，并报国家农发办备案。

3、项目实施阶段。该阶段项目实施管理工作与项目资金管理工作同步进行，具体程序严格按照农业综合开发有关资金和项目管理规定执行。其中：土地治理项目主要单项工程的勘察设计、施工、监理、主要设备和材料的采购，实行公开招标。主要单项工程的施工，由具备相应资质或能力的单位进行监理。农业综合开发财政资金及农村集体、农民自筹资金使用情况，项目建设主要内容，应推行公示制。土地治理项目资金实行“专人管理、专帐核算、专款专用”，财政资金实行县级财政报帐制。

4、验收管护阶段。主要包括项目验收和工程管护。农业综合开发竣工项目验收的主要内容包括执行国家农业综合开发政策的情况，项目建设任务与主要经济技术指标完成情况，主要工程建设的质量情况，资金到位及农民筹资投劳情况、资金使用和回收落实情况，工程运行管理和文档管理情况等。农业综合开发项目一般由省级农发机构进行验收。国家农发办对项目竣工验收每3年进行一次考评。

土地治理项目竣工验收后，应当明确管护主体，及时办理移交手续。管护主体应建立健全各项运行管护制度，保证项目正常运转，长期发挥效益。